咸丰六年(1856年)经激烈拉锯战收复湖北全境后,全省官缺久悬的州县多达30余,人心散乱。如何收拾残局?胡林翼认为,吏治之不修,兵祸之所由起也;救天下之急症莫如选将,治天下之真病莫如察吏;兵事如治标,吏事如治本。他就此奏陈说,州县之所谓小事即百姓之大事,今日之所谓小贼即异日之大贼;厝火积薪更切隐忧,必应严禁官场应酬陋习,与群吏更始,崇尚敦朴,屏退浮华,行之数年,或可改观。[6]
为整饬吏治,胡林翼坚决斥革玩泄贪饕官员,同时广为搜求人才,认为“吏治本无不传之秘,用人行政为大”,“古今无不平之贼,而先在求平贼之人”[7]。他大胆起用新人,选人首重操守。在他延纳扶植的人才中,包括后来成为封疆大吏的罗遵殿、严树森、阎敬铭。
湖北自军兴以来迭遭兵燹,境内残破不堪,外省协饷通常又不能如数如期解至。为解决筹饷难题,胡林翼设法挖掘财源,并注意趋利避害。他一再强调,行政要通士民之气,即催科之政亦必先得民心。早在咸丰五年(1855年)九月,胡林翼便保举“结实廉明”的在籍主事胡大任、王家璧为员外郎,主持全省捐输、厘金局务,并大胆起用没有官气的士绅具体负责各地局务,严禁州县吏胥染指;同时严加督察,对徇私舞弊者随时撤换。仅厘金一项,湖北岁入便增银二百余万两。