咸丰六年（1856年）经激烈拉锯战收复湖北全境后，全省官缺久悬的州县多达30余，人心散乱。如何收拾残局？胡林翼认为，吏治之不修，兵祸之所由起也；救天下之急症莫如选将，治天下之真病莫如察吏；兵事如治标，吏事如治本。他就此奏陈说，州县之所谓小事即百姓之大事，今日之所谓小贼即异日之大贼；厝火积薪更切隐忧，必应严禁官场应酬陋习，与群吏更始，崇尚敦朴，屏退浮华，行之数年，或可改观。[6]
为整饬吏治，胡林翼坚决斥革玩泄贪饕官员，同时广为搜求人才，认为“吏治本无不传之秘，用人行政为大”，“古今无不平之贼，而先在求平贼之人”[7]。他大胆起用新人，选人首重操守。在他延纳扶植的人才中，包括后来成为封疆大吏的罗遵殿、严树森、阎敬铭。
湖北自军兴以来迭遭兵燹，境内残破不堪，外省协饷通常又不能如数如期解至。为解决筹饷难题，胡林翼设法挖掘财源，并注意趋利避害。他一再强调，行政要通士民之气，即催科之政亦必先得民心。早在咸丰五年（1855年）九月，胡林翼便保举“结实廉明”的在籍主事胡大任、王家璧为员外郎，主持全省捐输、厘金局务，并大胆起用没有官气的士绅具体负责各地局务，严禁州县吏胥染指；同时严加督察，对徇私舞弊者随时撤换。仅厘金一项，湖北岁入便增银二百余万两。