佛教宣称人有前世、现世和来世，人的一切身心活动可分为身业、语业、意业。据此，慧远提出了现报、生报、后报的三报论，与人的三生、三业相匹配。将报应分成现世造业、现世受报；现世造业，下世受报；现世造业，第三世乃至百世、千世后受报。这样，慧远就得以解释现实社会中的种种不平等现象，即不是没有报应，而是报应还没有到来。慧远还进一步认为报应是自然之理，是直接从造业者自身活动中得到的，并不是外力强加的结果。因此，报应便具有因果必然性，是自然之赏罚。这样，原本是人为编造的因果报应说便似乎成了客观规律，完全歪曲了事实。
（三）神不灭论
慧远从法身常住不变、永不消灭的观点立论，来证明神不灭。他说，人有衰老病死，形体终会消灭，但精神却可以永远存在。犹如一根木柴烧尽了，形灭，但火可以传到另一根木柴上去，薪尽而火传，形灭而神在。火木之喻原是两汉唯物主义者用来论证形毁火灭、形亡神灭的，慧远借用了过来，进行曲解，颠倒了形神关系。
（四）三教一致论
佛教传入中国后，作为一种外来宗教，与中国本土的儒、道两家之间常发生矛盾，甚至引发出激烈的佛道之争。慧远认为，佛、儒、道三家虽出处各异，但终期则同，三教其实一致。圣人、帝王卿相、国师、道士等，都只是后天的现象，追其本源，则他们原本都是诸佛的化身。是诸佛如来为了化度众生而示以不同的形象，一旦他们完成了化度的任务后，便仍然会返本还源，回归佛位。所以，释迦与孔、老，归致相同，佛、儒、道三家，殊途同归。