段祺瑞自1920年直皖战争失败后一直蛰居天津，早有东山再起之心。冯玉祥、张作霖既争相“拥戴”他，他乃乘时而出。段祺瑞复出，南方直系各督亦表示欢迎。因为齐燮元、孙传芳、萧耀南等直系将领不愿见中央政权落入冯、张之手，而宁愿让没有军事实力的段祺瑞上台。段祺瑞是北洋老前辈，拥他上台，对直系将领而言尚不为耻，吴佩孚也不便反对。
各方在北京政变之后都表示拥段的政治立场，正是当时任何一方均没有能力取代曹、吴独掌中央政权和继续武力统一政策的写照。所谓“非段莫属”的表态，在很大程度上是各方在相持不下的僵持局面下的一种应变手段。奉军将领何柱国分析说：“段以北洋元老的资格，对于北洋军阀，无论哪一个，虽然都吸不住，却都罩得下。”在这种情况下，段祺瑞自然成了收拾北方时局的最合适人选。
冯玉祥在通电拥段为国民军大元帅后，于11月初多次电邀孙中山北上主持大计，并派马伯援持冯的亲笔信南下迎孙。冯玉祥与孙中山及其国民党人早有接触和联络。冯玉祥调任陆军检阅使后，徐谦等一批国民党人与冯玉祥时相往还，企图说服冯玉祥参加国民党，在北京发动“中央革命”。孙中山甚至亲笔手书《建国大纲》赠冯阅读。但从这个时期冯玉祥的日记可以看出冯对孙中山领导的革命尚缺乏真正了解，且信心不足。直至北京政变发动前夕，孙中山和一些国民党要人对冯玉祥能否参加革命也没有把握。政变发生后，孙中山在黄埔军校发表演说称：“这回北京事变没有发生以前的五六个月，便有几位同志从北京来许多信，催我先到天津去等候，说不久他们便可在北京发起中央革命。筹划这回事变的人数很少，真是本党同志的不上十个人。他们的见解，以为本党革命二十多年，总是不成功……推究此中原因，就是由于从前革命，都是在各省，效力很小，要在首都革命，那个效力才大。所以他们在二三年前，便在北京宣传主义，布置一切……到江浙战事发生之后，他们又来催促，要我赶快放弃广东，到天津去等，说首都革命，很有把握，发动的时期，就在目前。这个时期，是千载一时的机会，万不可失。如果就广东的计划，由韶关进兵，先得江西，再取武汉，然后才想方法去定北京，那是很迂缓、很艰难的；假若放弃广东，一直到天津去发动一个中央革命，成功是很迅速、很容易的。”但孙中山当时不大以为然。当事变真正发生后，孙中山又有几分失望，因为他看到中央政权仍在官僚军人之手，“对于本党表同情的，只有几个师长旅长，普通士兵都是莫明其妙”。于是他断言北京政变“毫不能算是中央革命”，“毫没有中央革命的希望”。尽管如此，孙中山还是决定进京，因为他认为“经过这次事变之后，可信北京首都之地，的确是有军队来欢迎革命主义的。从今以后，只要有人在北京筹划中央革命，一定可以望天天进步。”除了广东之外，“北京也可以做革命的策源地”。正是基于这样的考虑，孙中山决定北上，“借这个机会，可以做宣传的工夫”。