初，帝爱琅邪王裒，将有夺嫡之议，以问导。导曰：“夫立子以长，且绍又贤，不宜改革。”帝犹疑之。导日夕陈谏，故太子卒定。及明帝即位，导受遗诏辅政，解扬州，迁司徒，一依陈群辅魏故事。王敦又举兵内向。时敦始寝疾，导便率子弟发哀，众闻，谓敦死，咸有奋志。及帝伐敦，假导节，都督诸军，领扬州刺史。敦平，进封始兴郡公，邑三千户，赐绢九千匹，进位太保，司徒如故，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。固让。帝崩，导复与庾亮等同受遗诏，共辅幼主，是为成帝。加羽葆鼓吹，班剑二十人。及石勒侵阜陵，诏加导大司马、假黄钺，出讨之。军次江宁，帝亲饯于郊。俄而贼退，解大司马。
庾亮将征苏峻，访之于导。导曰：“峻猜阻，必不奉诏。且山薮藏疾，宜包容之。”固争不从，亮遂召峻。既而难作，六军败绩，导入宫侍帝。峻以导德望，不敢加害，犹以本官居己之右。峻又逼乘舆幸石头，导争之不得。峻日来帝前肆丑言，导深惧有不测之祸。时路永、匡术、贾宁并说峻，令杀导，尽诛大臣，更树腹心。峻敬导，不纳，故永等贰于峻。导使参军袁耽潜讽诱永等，谋奉帝出奔义军。而峻衙御甚严，事遂不果。导乃携二子随永奔于白石。