可随着时间推移，形势越发不妙起来，因为大明迁都了。
永乐帝把首都迁到了北京以后，国子监本部也随之北上，称北雍，南京国子监沦落为陪都分校，称南雍，影响力大幅降低。而后湖的驳查工作，总不能让北京学生千里迢迢南下吧？还得南京国子监出人，这就有点入不敷出了。
更麻烦的是，在永乐之后，明代科举制度日渐成熟，成为官员来源的主要渠道，从国子监选走的官员越来越少，监生地位一落千丈。监生们别说得不到好的官职，甚至连“历事”都很难获得机会，只能年复一年地滞留在国子监里，看不到未来。
宣德年间，国子监淹滞人数将近五千人，年纪最大的甚至超过五十岁——距离永乐北迁这才多少年？
驳查条件恶劣一如既往，大环境和政治待遇却每况愈下。最直接的结果，就是监生参与的积极性大幅下降。
洪武、永乐以及后面的洪、宣两代，驳查监生基本能保持一千两百名。在此之后，监生数量一路骤减。正统七年（1442年），降到八百名。景泰二年（1451年），降至六百零八名。到了成化十一年（1475年），南京户部上书抱怨，说他们征招八百名监生查理黄册，过湖的居然只有两百余名，其他的全跑光了。
这可奇怪了。国子监的管束那么严格，上课迟到都得挨板子，监生们怎么逃呢？