当时，已与崇祯帝抗争了两个月的吴甡，也感到不能再抗，准备赴任。临行前一天，吴甡犒劳随从兵马，崇祯帝还令宦官赐银牌给赏。然而到了第二天，崇祯帝突然下诏，令吴甡速进宫入值。吴甡顿感不妙，连上两疏辞职。崇祯帝也就顺水推舟，不予挽留，准其致仕。吴甡自以为脱掉了枷锁，没想到后来还是被重惩。八月，崇祯帝以吴甡延误师期，导致武昌失守的罪名，令锦衣卫把吴甡逮捕入京，论罪遣戍云南金齿卫。
崇祯帝之所以肯准允吴甡致仕，还有另外一个原因，那就是他已决定重用孙传庭了。五月，他令孙传庭兼督河南、四川。不久，又进孙传庭为兵部尚书，改任督师，总制应天、凤阳、河南、湖广、四川、贵州军务，仍兼督三边，赐尚方宝剑。他这次又把宝押到了孙传庭身上。
他一方面要孙传庭迅速出兵，一方面又做出了很多姿态。他再一次下了“罪己诏”，并宣布免河南五府三年田租，而事实上那时的河南早就不在朝廷控制之下了。他还下了赏格：“擒李自成者，赏万金，爵通侯；擒张献忠者，官极品，世袭锦衣卫指挥使。”此时的崇祯帝，似乎仍没有认清形势，反而像一个赌红了眼的赌徒，梦想再作最后一搏。