另一个让颙琰头疼的问题是海盗。海盗问题由来已久,明朝中期日本海盗横行,经常登陆抢劫,明朝费了九牛二虎之力,才将倭寇荡平,花费了近百年时间。明末清初,海盗有增无减,一些常年遭受官府欺压的渔民也纷纷加入海盗的行列。到了康熙年间,海禁稍微有点开放,一批批西洋传教士就开始涌入中国,先是西洋传教士,后是西洋贸易货船,其中以荷兰、葡萄牙的传教士居多,都以澳门为基地。英国占领印度后更加肆无忌惮,大量商船在外洋行驶,还经常闯到中国内海。因为海盗为害,清朝损伤的兵力、耗费的钱财不计其数,这让颙琰伤透脑筋。他认为,之所以有海盗为患,是因为西洋商船在沿海频繁活动导致的。他素来痛恨洋人内地传教,又恨洋人通过澳门向内地输送鸦片,伤害国人。于是下了一道谕旨,一是严禁洋人在中国传教,现存传教士一律驱逐出境;二是严禁鸦片输入,国人贩卖及吸食鸦片者严惩不贷。此旨一下,各地纷纷禁教禁烟,把所谓传播福音的圣使全都驱逐出境。
一个西洋人不知道其中的厉害,在广东私自发行《圣经》,被官府捉拿,充军热河为奴;另一个在湖北传教的西洋人,也被官员查获,处以绞刑。不久,英国政府派遣使臣墨尔根来到北京觐见清朝皇帝。礼部让他觐见时行三拜九叩大礼,墨尔根倔犟得很,坚决不行大礼;礼部又让他仿照当年英国使臣觐见乾隆帝时单腿下跪之礼,墨尔根还是一口拒绝。这事儿传到了颙琰的耳朵里,他非常生气,下旨将墨尔根驱逐出境。