水污染是现代最令人类困扰的水问题之一。陆永基、管毓鹏《太湖——水鉴》专门写了建国以来最受国内国际关注也最有震撼力的水污染事件——2007年5月太湖大面积暴发蓝藻。《淮河的警告》回顾了1994年7月28日江苏盱眙县遇到的淮河污染情景：
七月二十八日凌晨，被连天干旱和高温折磨得筋疲力尽的盱眙人，一觉醒来，吓呆了：平日黄绿色的盱眙，突然变成了酱油色；浑浊不堪的水面像涂沫了一层又厚又怪诞的油漆，浮荡着白花花的泡沫，奇腥恶臭；随处可见的死鱼无不翻瞪着恐怖的眼睛，像在怒问苍天。
作者陈桂棣告诉我们：我国已经成为世界上污水排放量最多的国家之一，排放总量每年高达340亿吨，这个数字还不包括密如繁星稠如树叶的乡镇企业。而黄河平均径流量才187亿吨，这意味着我国每年有超过两条黄河的污水泄向江河湖海。
咸潮以及陆地的沙漠化和盐碱化同样令现代人头痛不已。沈仁康的《天高水长话珠江》写咸潮袭击珠江三角洲，城乡人民饮用水的含盐量高出一倍。邓刚在《面对大洋之水》中专门写道：“21世纪初，大连四大海水倒灌区已危及城市上亿立方米的地下库存水……一旦苦咸的海水贯通地下水库，将污染上亿立方米库存水，‘灾难性地逆转水资源生态平衡，使受灾面积加速扩展’。盐碱化的土地使良田变成赤地，庄稼根枯叶黄，粮食颗粒不收。一些地方，老百姓已经不能直接喝从井里打上来的水……”。