另一个让颙琰头疼的问题是海盗。海盗问题由来已久，明朝中期日本海盗横行，经常登陆抢劫，明朝费了九牛二虎之力，才将倭寇荡平，花费了近百年时间。明末清初，海盗有增无减，一些常年遭受官府欺压的渔民也纷纷加入海盗的行列。到了康熙年间，海禁稍微有点开放，一批批西洋传教士就开始涌入中国，先是西洋传教士，后是西洋贸易货船，其中以荷兰、葡萄牙的传教士居多，都以澳门为基地。英国占领印度后更加肆无忌惮，大量商船在外洋行驶，还经常闯到中国内海。因为海盗为害，清朝损伤的兵力、耗费的钱财不计其数，这让颙琰伤透脑筋。他认为，之所以有海盗为患，是因为西洋商船在沿海频繁活动导致的。他素来痛恨洋人内地传教，又恨洋人通过澳门向内地输送鸦片，伤害国人。于是下了一道谕旨，一是严禁洋人在中国传教，现存传教士一律驱逐出境；二是严禁鸦片输入，国人贩卖及吸食鸦片者严惩不贷。此旨一下，各地纷纷禁教禁烟，把所谓传播福音的圣使全都驱逐出境。
一个西洋人不知道其中的厉害，在广东私自发行《圣经》，被官府捉拿，充军热河为奴；另一个在湖北传教的西洋人，也被官员查获，处以绞刑。不久，英国政府派遣使臣墨尔根来到北京觐见清朝皇帝。礼部让他觐见时行三拜九叩大礼，墨尔根倔犟得很，坚决不行大礼；礼部又让他仿照当年英国使臣觐见乾隆帝时单腿下跪之礼，墨尔根还是一口拒绝。这事儿传到了颙琰的耳朵里，他非常生气，下旨将墨尔根驱逐出境。