在中医基本理论的研究方面，恽铁樵一马当先。1922年，他撰写《群经见智录》，对《易经》、《内经》的基本理论提出创见，成为我国近现代研究中医理论的集大成者。该书站在现代科学的高度上，科学地解释了《内经》体系，指出《易经》与《内经》的基础在四时，二者的主要理论都是从研究自然界最明显，最常见的变化规律而来，这样就揭开了《易经》、《内经》的神秘外衣。五行、六气皆为四时而设是恽氏的又一创论。基于这一思想，恽铁樵第一次强调指出五行相生的顺序与四时递变相同，所谓“内经五脏即四时的五脏”，一句话揭示了中医基本理论、特别是脏象理论的奥秘，说明了中医基本理论的科学性，在客观上也捍卫了传统中医体系的完整性。
杨则民的《内经之哲学的检讨》，是对《内经》研究的另一力作，也是现代中医界最早自觉运用辩证唯物主义思想系统地研究《内经》的专论。作者以维护中医体系为己任，在剖析了当时研究《内经》的几种倾向后，旗帜鲜明地提出《内经》的指导思想即是辩证法。接着，作者详细阐释了《内经》的基本内容，第一次从哲学高度强调中西医体系不同，并提出独到的改进中医的见解，为《内经》研究的拓展做出了空前的贡献。