争取主权独立的政变
9月28日子夜，驻扎在大马士革西部卡塔纳陆军基地的叙利亚一个装甲部队，火速向大马士革进军。凌晨4时，叙军的坦克驶入大马士革，在控制了整个首都后，占领了电台和其他要害部门，封锁了公路和机场，切断了大马士革与外省的联系，还包围了阿密尔元帅的官邸和叙利亚第一军军部。当政变部队控制了一切政权机构后，即宣布成立叙利亚军事委员会。叙利亚政变部队的行动，获得了叙各阶层人士的广泛支持。
纳赛尔在得悉叙利亚地区政变的消息后，在广播讲话中严厉谴责部分叙利亚军队叛乱的“分裂活动”，并立即命令驻叙利亚的埃及军队镇压“叛乱分子”，派伞兵在大马士革空降，埃及海军陆战队在叙利亚最大的港口拉塔基亚登陆，埃及的空军也奉命作好轰炸叙利亚反叛部队的准备，企图一举将叙利亚地区的“叛乱”镇压下去。
叙利亚军事委员会发言人在大马士革电台发表公告，宣布叙利亚军队采取使叙利亚脱离阿联的军事行动是正义的行动，是符合叙利亚人意愿的行动，把纳赛尔称为当代阿拉伯的“暴君”，指责他把叙利亚变成“一个巨大的监牢，一个恐怖和屈辱的地狱”。他们还对纳赛尔进行人身攻击，以煽起叙利亚人反对埃及的民族情绪。