方以智一生留下《物理小识》、《通雅》、《博依集》、《浮山文集》、《易余》、《东西均》、《一贯问答》、《药地炮庄》等著作，其中《通雅》和《物理小识》早在清初就流入他邦，为海外学者所重。据冒怀辛先生统计，方以智的各类著作“约达四百万字以上”。所论遍及诗文、音韵、天文、地理、博物、医药、经学、哲学等方面。由于方以智晚年罹遭“粤案”，在当时严酷的政治环境下，有清一代学者多避而不敢称引其说，其著无人整理，其学亦不能流传于后，甚至他在“相看俱在失吾亲”这种众目睽睽下离世，时人讳而不敢详记，故而影响今人治其思想和生平。当然，方以智著作不得其传也与其“汪洋恣肆”（《四库提要》语）的言语有关，特别是其中年以后，“所著书好禅语，而会通以庄、《易》之旨，学者骤读之，多不解”（钱澄：《〈通雅〉序》）。诸多原因终致这位“东林——复社人物在理论上的总结者”（侯外庐语）的思想及著作在其死后的三百多年时间内长期湮没。从《明儒学案》一直到《汉学师承记》、《宋学渊源录》以及《清学案小识》、《清儒学案》，都没有他的名字。时至梁启超，尽管他在《中国近三百年学术史》中置方以智于《清初学海波澜余录》，却第一次喊出“密之学风，确与明季之空疏武断相反，而为清代考证学开其先河，则无可疑”[5]，并归纳其治学方法是尊疑、尊证、尊今三点，以见其未脱晚明儒者之面目。